Padang lamun mempunyai peranan yang sangat penting bagi lingkungan pesisir. Fungsi padang lamun adalah:
- Sistem perakaran lamun dan saling menyilang dapat menstabilkan dasar laut dan mengakibatkan kokoh tertanamnya lamun dalam dasar laut.
- padang lamun berfungsi juga sebagai perangkap sedimen yang kemudian dan distabilkan
- padang lamun segar merupakan makanan bagi ikan duyung (yang sebenarnya bukan jenis ikan, melainkan hewanmenyusui), penyu laut, bulu babi, dan beberapa jenis ikan. padang lamun merupakan daerah pengembalaan (grazing ground) yang penting artinya bagi hewan-hewan laut tersebut. Ikan laut lainnya dan udang tidak makan daun segar melaikan serasah (stritus) dari lamun. Detritus ini dapat tersebar luas oleh arus ke perairan di sekitar padang lamun.
- padang lamun merupakan habitat bagi bermacam-macam ikan (umumnya ikan berukuran kecil) dan udang.
- pada permukaan daun lamun, hidup melimpah gannggang-ganggang renik dan mikroba, yang merupakan makanan bagi bermacam-macam jenis ikan yang hisup di padang lamun.
- Banyakm jenis ikan dan udang yang hidup di perairan disekitar padang lamun menghasilkan larva yang yang bermigrasi ke padang lamun untuk tumbuh besar. bagi larva-larva ini padang lamun memang menjanjikan kondisi lingkungan yang optimal bagi pertumbuhannya. Dengan demikian perusakan padang lamun berarti merusak daerah asuhan (nursery ground) larva-larva tersebut.
- daun lamun berperan sebagi tudung pelindung menutupi penghuni padang lamun dari segantan sinar matahari.
- tumbuhan lamun dapat digunakan sebagai bahan makanan dan pupuk. Misalnya samo-samo (Enhalusacoroides) oleh penduduk ke Kepulauan Seribu telah dimanfaatkan bijinya sebagai bahan makanan (Nontji, 1987)
